1994 márciusában Persányi Miklós lett az Állatkert főigazgatója, aki először 2003-ig, majd négyévnyi szünet után 2007-től 2020-ig, összesen tehát 22 évig vezette az intézményt. A négyévi szünet ideje alatt környezetvédelmi és vízügyi miniszterként tevékenykedett, s ez idő alatt Bogsch Ilma állt az Állatkert élén.
1967-ben, Anghi Csaba nyugdíjazása után Szederjei Ákost, a neves vadgazdálkodási szakembert nevezték ki az intézmény élére főigazgatóként, aki egészen 1977-ig töltötte be ezt a tisztséget.
Az 1966-os esztendő fontos mérföldkő volt az Állatkert életében. Ekkor volt ugyanis a centenárium, az Állatkert alapításának, pontosabban szólva a megnyitásának 100. évfordulója. A jeles eseményt természetesen kiemelt külsőségek között kívánták megünnepelni, s a felkészülés már a megelőző években elkezdődött. Sőt, sok fejlesztést is úgy időzítettek, hogy a jubileum évére már megvalósuljanak.
A háziállatok, gazdasági haszonállatok bemutatása sokáig nem volt különösebben jellemző az állatkertre, vagy ha akadtak is, nem volt éppen szilárd koncepció arra nézve, hogy mely háziállatokat és miért érdemes bemutatni. Az állatkertek inkább az egzotikus vadállatokra fókuszáltak, és az állatkertekben lévő háziállatok jelentős részét nem is bemutatási, hanem üzemellátási célból tartották (például igáslovakat kocsik vonatására stb.).
Amikor 1956-ban Anghi Csaba az Állatkert élére került, egyik első intézkedésként minden tekintetben felmérte az intézmény akkori helyzetét és állapotát. Ma már szinte hihetetlen, hogy milyen rengeteg tényező korlátozta az ésszerű működést. A gazdálkodásban igen sok volt a megkötöttség, az úgynevezett póthitelkérelmeket a főhatóság a működést akadályozó komótossággal intézte. A külső erőforrással elvégeztetett munkák ügyében nem lehetett árajánlat alapján akárkihez, csakis az „illetékes” állami vállalathoz fordulni.
A háború pusztításai után nehezen tért magához az Állatkert. Hiába nyitott újra már 1945. május elsején, hiába sikerült egyre több romos épületet helyrehozni, hiába sikerült lassan pótolni a háborús veszteségeket, a nemzetközi összehasonlítás próbáját is kiálló színvonalról nem lehetett beszélni.
A budapesti hadműveletek – s ezen belül maga a tulajdonképpeni ostrom is – 1945. február 13-án befejeződtek. Az Állatkertben azonban a harcok már január 13-án abbamaradtak. Ekkor törtek előre a szovjet csapatok a Bajza utca vonaláig, azt követően, hogy két napon át a kert területén húzódott a frontvonal. A vöröskatonák január 15-én már a Teréz körútnál jártak, s 18-ára a Duna hídjait elérve lényegében minden ellenállást felszámoltak a pesti oldalon.
Inter arma silent musae – azaz fegyverek közt hallgatnak a múzsák. Így tartja a régi latin mondás, amely arra utal, hogy a háborús idők nem kedveznek a művészeteknek és a tudományoknak, az emberi művelődésnek és általában a normális életnek. Ez természetesen az állatkertekre is igaz: a történelem folyamán a háborúk az állatkertekre is nehéz időket, s gyakran szó szerint pusztulást hoztak.
A kert történetének következő korszaka 1929-ben kezdődött el, amikor Nadler Herbertet nevezték ki az Állatkert igazgatójának. A kinevezést egy pályázat előzte meg, amelyen Nadleren kívül több más ismert személy, például Kittenberger Kálmán is indult.
Lendl Adolf felmentése után Hilbert Rezsőre bízták az Állatkert ügyeinek irányítását, aki 1919-től 1929-ig látta el ezt a feladatot aligazgatói kinevezéssel. Hilbert gazdasági szakember volt, aki már 12 éve dolgozott az intézménynél, mikor annak igazgatását átvette.
1914. július 28-án az Osztrák-Magyar Monarchia hadat üzent Szerbiának, s ezzel kitört az első világháború. A mozgósítás első következménye az Állatkertben az volt, hogy az állatgondozók közül azonnal behívtak 28 főt, ami jelentős munkaerő kiesést jelentett. Az intézmény vezetése a dolgot úgy orvosolta, hogy a frontra vezényel gondozók helyett feleségeik, illetve a már munkát bíró gyermekeik jöttek be dolgozni, a be nem hívott munkatársak felügyelete mellett.
Az újjászületett Állatkert minden tekintetben elnyerte a látogatók tetszését, amit jól mutatott a kert kiemelkedő látogatottság is.
1912 tavaszára az állatházak és az összes többi új létesítmény is teljesen elkészült, s valamennyi állattartó helyet be is népesítették. Már csak az újbóli megnyitó volt hátra, amelynek időpontját egy hétfői napra, május 20-ára tűzték ki. Előtte azonban még vasárnap szerveztek egy bejárást az új intézményben a sajtó képviselői számára.
Az újjászületett Állatkertbe nemcsak épületek kellettek, hanem azokat be is kellett népesíteni állatokkal. A kert területén persze az átépítés ideje alatt is mindvégig voltak állatok. Hiszen amikor a főváros átvette az üzemeltetést a feloszlatott Állat- és Növényhonosító Társaságtól, az akkor meglevő állatállományt is átvették. Ez azonban elég szegényes gyűjtemény volt már, tehát az újjászületett Állatkert megnyitásáig mindenképpen ki kellett egészíteni.
Az 1907 előtti időkből örökölt állatok közül Jónás, az 1893-ban érkezett nílusi víziló volt a leghíresebb. Őt az építkezés miatt kétszer is költöztetni kellett. Egyszer korábbi lakhelyéről egy ideiglenes helyre, majd onnan az újonnan elkészült Elefántházba, amelyet ekkoriban a „vastagbőrűek házaként” ismertek.
1907-ben az Állatkert tulajdonjogát és működtetését a feloszlatott Állat- és Növényhonosító Társaságtól Budapest Székesfőváros vette át. A szándék az volt, hogy az Állatkert színvonalát egy nagyobb rekonstrukcióval, sőt, a kert teljes újjászervezésével jelentősen megnöveljék, a fővároshoz méltóvá tegyék. Előbb azonban a napi feladatok ellátásáról kellett gondoskodni.
Bár a kert tulajdonképpeni területének csaknem felén nem kifejezetten állatkerti látványosságokat láthatott a közönség (hiszen az Ős-Budavár és a cirkuszépület foglalta el ezeket a területeket), de ezek jelentős bevételeket hoztak a kertet fenntartó társaságnak. Ráadásul magát az Állatkertet is sokan látogatták, s a bevételekből futotta új állatok vásárlására, a kert szépítésére, s az összes korábbi adósság visszafizetésére is.
A honfoglalás ezredik évfordulójára, 1896-ra országszerte rengeteg fejlesztéssel, programmal és látnivalóval készültek. Ezek közül az egyik legfontosabb az „Ezredévi Országos Kiállítás” volt, amelynek helyszínét épp az Állatkert szomszédságában, a Városligetben jelölték ki. Az előkészületek persze már sokkal korábban, az 1890-es évek elején megkezdődtek.
A „Serák-korszak” talán legérdekesebb, legfurcsább látványosságai a néprajzi mutatványok voltak. Eredendően ezek is szoros kapcsolatban álltak az állatkertekkel, ugyanis a legelső ilyen bemutató úgy jött létre, hogy egy neves állatkereskedő, Carl Hagenbeck nagyobb rénszarvas szállítmányt hozott be Lappföldről. Ezeket az állatokat ottani pásztoroktól szerezték be, s az állatokkal foglalkozó lappok egy része el is jött a szarvascsordával Európa szívébe.
Serák Károlyt 1873 augusztus 1-én nevezték ki az Állatkert igazgatójának. Kinevezésére egy az igazgatói posztra meghirdetett pályázat eredményeképp került sor. Az állásra összesen 23 pályázat érkezett, s az Állat- és Növényhonosító Társaság titkos szavazással Serák Károlyt találta a legalkalmasabbnak. Az új direktor nem volt éppen tudós: kisbirtokos volt, aki korábban Nagyabonyban gazdálkodott. De éppen ezért, gazdálkodó tapasztalatai miatt esett rá a választás.
Az első évek tapasztalata azt mutatta, hogy bár az Állatkert számos komoly eredményt ért el, a bevételek csak részben fedezik a kiadásokat, fenntartási költségeket. Emiatt az Állatkert állandó pénzügyi nehézségekkel küszködött.
Maga az Állatkert megnyitása lelkes fogadtatásra talált a nagyközönség körében. Úgy is mondhatnánk, csak úgy tódult a sok látogató, hogy Pest város e legújabb látványosságát saját szemével is láthassa. A nyitástól az 1866-os év végéig 66 918 fő kereste fel az Állatkertet. Még Erzsébet királyné is időt szakított az állatkerti látogatásra. Erre pár héttel a nyitás után, augusztus 16-án a délutáni órákban került sor: a királyné Klotild hercegnő társaságában tett sétát a kert területén.
A Pesti Állatkert alapítása idején a zsiráf még nagy ritkaságnak számított az állatkertekben. Így aztán nem is kínálkozott lehetőség arra, hogy az akkoriban magyarul még inkább „giraffnak”, „zsiraffnak”, „nyakoncznak”, „foltos nyakorjánnak” vagy épp „tevepárducznak” nevezetett állatot már a megnyitás évében, 1866-ban láthassa a nagyközönség. Az első zsiráfunk két évvel később, 1868-ban érkezett, éspedig Ferenc József adományaként, Erzsébet királyné közbenjárására.
1866 derekán már kezdtek célegyenesbe fordulni a kivitelezési munkálatok, illetve javában folyt az állatok beszerzése is. El lehetett gondolkodni tehát azon, hogy mikorra is tűzzék ki a megnyitás dátumát.
Az Állatkert részére kijelölt terület felosztását, a sétautak vonalvezetését, illetve a parkrészek kialakítását Petz Ármin főkertész tervezte meg. Az épületek terveinek elkészítésével a kor neves építész párosát, Szkalnitzky Antalt és ifj. Koch Henriket bízták meg (ők tervezték például a budapesti Egyetemi Könyvtár, a belvárosi főposta és a Thonet-udvar épületét, illetve az Oktogon négy sarkában álló bérházakat is, vidéken pedig többek között a fehérvári és a debreceni színház, illetve a hajdúhadházi református templom épülete fűződik a nevükhöz).
Abban az időben, amikor London, Dublin, Bristol vagy Amszterdam állatkertjei megnyíltak, Magyarországon is felvetődött egy állatkert alapításának gondolata. Részint a császárvárosi példa, részint a nyugat-európai polgári állatkertek példája nyomán. A reformkorban egyébként is jelentős mozgalom bontakozott ki a magyar nemzeti művelődés fejlesztésére (gondoljunk csak az akadémia alapítására), így szinte szükségszerű is volt egy magyarországi állatkert alapításának felvetése.
A Kárpát-medence első olyan civilizációja, amelyben kiterjedt vadállattartás is létezett, a római civilizáció volt. Mint ismeretes a Dunántúl egykor a római Pannonia provincia része volt, ahol természetesen éppúgy „divatosak” voltak az állatviadalok, mint magában Róma városában.
Bátran mondhatjuk, hogy az állatkert civilizációs jelenség! Hiszen állattartó kertek a civilizáció hajnala óta léteznek. Akadt belőlük az ókori Egyiptomban, Mezopotámiában és Kínában, Hellaszban, a hellenisztikus államokban és Rómában, mi több, a középkorban és a reneszánsz idején is számos uralkodó és egyházfejedelem tartott fenn egzotikus vadállatokból álló állatseregletet. Ráadásul úgy tűnik, hogy az állattartó kertek létesítésének szokását az egyes civilizációk nem feltétlenül egymástól vették át.
