Abban az időben, amikor London, Dublin, Bristol vagy Amszterdam állatkertjei megnyíltak, Magyarországon is felvetődött egy állatkert alapításának gondolata. Részint a császárvárosi példa, részint a nyugat-európai polgári állatkertek példája nyomán. A reformkorban egyébként is jelentős mozgalom bontakozott ki a magyar nemzeti művelődés fejlesztésére (gondoljunk csak az akadémia alapítására), így szinte szükségszerű is volt egy magyarországi állatkert alapításának felvetése. A gondolat megszületése szempontjából tehát semmivel sem voltunk lemaradva Európa nyugati felétől. A megvalósításra azonban a reformkorban nem kerülhetett sor, mert az 1848-as forradalom, majd a szabadságharc, illetve a világosi fegyverletételt követő esztendők nem kedveztek az állatkert alapításának.
Közben Nyugat-Európában ezután is egyre-másra létesültek az állatkertek: 1855-ben Marseille-ben, 1858-ban Majna-Frankfurtban, Rotterdamban és Lyonban, 1859-ben Koppenhágában, 1860-ban Párizsban (ez már a második párizsi állatkert volt) és Kölnben, 1861-ben Drezdában, 1863-ban Hamburgban, 1864-ben Moszkvában, 1865-ben pedig Pétervárott, Poroszlóban (Wroclaw) és Hannoverben is. Sőt mi több, 1859-ben az USA-beli Philadelphiában, 1861-ben a new yorki Central Parkban, ugyancsak 1861-ben pedig az ausztráliai Melbourne-ben is létesült egy-egy állatkert.
Ugyanebben az időben, az úgynevezett Bach-korszakban a magyarországi állatkert gondolata „csipkerózsika álmot” volt kénytelen aludni. Így aztán csak 1856-ban merült fel ismét a német orvosok és természetvizsgálók Bécsben megtartott „disputáján”. A szakmai tanácskozáson több magyar tudós is részt vett, s közülük ketten, Gerenday József orvos és botanikus, a Füvészkert igazgatója, valamint Kubinyi Ágoston, a Magyar Nemzeti Múzeum igazgatója vetették fel, hogy – hasonlóan Bécs városához – Pesten is szükséges volna egy állatkertet létrehozni. Ugyanezt szorgalmazta a világjáró polihisztor, Xántus János is, aki ebben az időben az Egyesült Államokban tartózkodott, de távolról is támogatásáról biztosította Kubinyi és Gerenday ötletét.
Az alapítás gondolata felmerült ugyan, de a korabeli magyarországi viszonyok között nem volt olyan magától értetődő, hogy a felvetés valóban meg is valósuljon. A tudományos testületek önmagukban nem rendelkeztek olyan anyagi forrással, hogy egy állatkertet létrehozzanak, s akkoriban a művelődés sem volt olyan fokon, hogy például Pest szabad királyi városa maga álljon a kezdeményezés élére. A vagyonos arisztokraták és mágnások egy része ugyan hajlandó lett volna egy állatkertet támogatni, de arról szó sem volt, hogy valaki mondjuk saját maga hozza finanszírozza meg az állatkertet olyanformán, ahogyan például John G. Shedd amerikai üzletember tette, amikor egy világszínvonalú akváriummal ajándékozta meg Chicago városát. Pesten tehát úgy lehetett csak állatkertet létrehozni, hogy néhány lelkes tudós, saját pénzeszközeit sem kímélve próbált elégséges forrást „összekalapozni” az intézmény létesítéséhez.
Egy állatkerthez több mindenre is szükség volt. Egyrészt megfelelő területre, lehetőleg díjmentesen, vagy kedvező bérleti díj mellett. Másrészt megfelelő mennyiségű tőkére, amelyekből a szükséges beruházásokat, a létesítmények felépítését és az állatok beszerzését finanszírozni lehetett. Szükség volt emellett szakmai programra, vagyis annak világos megfogalmazására, hogy milyen célok érekében és milyen elvek szerint kívánják létrehozni, majd később működtetni a kertet. És persze szükség volt arra is, hogy az állatkert létjogosultságát „felsőbb helyről” is megerősítsék. Ez azért volt fontos, mert az akkori időkben az a tény, hogy néhány magyar tudós egy állatkert ügyében szervezkedik, akár gyanús, lázadó, rebellis szervezkedésnek is tűnhetett. Ilyen körülmények között arra lehetett számítani, hogy ha az a bizonyos „felsőbb hely” nem nyilatkozik támogatólag a kezdeményezéstől, akkor az összes hivatal és hatóság is igyekszik inkább megakadályozni a dolgot, hátha végül mégsem lesz belőle semmi. Ezekről tehát mind gondoskodniuk kellett az alapítás úttörőinek.
Az első konkrét cselekményre 1862. január 29-én került sor, amikor a Királyi Magyar Természettudományi Társulat közgyűlésén Kubinyi Ágoston, Gerenday József, Xántus János, valamint Szabó József geológus professzor bejelentette a leendő Pesti Állatkert létesítésre irányuló munka megkezdését. Ugyanitt bizottság is alakult az alapítás előkészítésére, amelynek vezetőjévé Xántus Jánost választották. Nem sokkal ezután a Magyar Tudományos Akadémia is rendkívüli ülést hívott össze az Állatkert ügyében, ez az ülés azonban mondvacsinált okok miatt elmaradt. A valós ok az lehetett, hogy amíg az állatkerti ügy jóváhagyását „felsőbb helyről” nem erősítették meg, addig többen nem tartották szerencsésnek a dolgot bevinni az akadémiára, nehogy később kiderüljön, hogy az a hatalomnak nem tetsző dolog. A lelkesedés az év közepére ki is fulladt kissé, annál is inkább, mert az 1862-es országos nagy éhínség miatt a társadalomnak más problémákkal kellett szembenéznie. Ebben a helyzetben átmenetileg Xántus is elkedvetlenedett, sőt, ebben az időszakban éppenséggel Amerikában tartózkodott. A munka annyit haladt előre, hogy a közvélemény értesült az új intézmény alapításának szándékáról, illetve szóban megkezdődtek a tárgyalások Pest szabad királyi városával az Állatkert céljaira kiszemelt terület átengedéséről.
A következő érdemi lépésre tehát az 1863-as évig kellett várni: május 26-án csak megtartották az előző évben elmaradt akadémiai ülést, amelyet Xántus is üdvözölt, mi több, jelezte, hogy amerikai tartózkodása alatt már több állatot is összegyűjtött a létesítendő Pesti Állatkert számára. Ilyen előzmények után az állatkerti bizottság június 6-án beadvánnyal fordult a városhoz a terület ügyében. A beadvány a főváros „Gazdasági és Városligeti Bizottmányához” került. Ott alaposan megvizsgálták a dolgot, s a főváros végül azt válaszolta a beadványra, hogy elvben nincs akadálya annak, hogy a Városliget állatkerti célokra már előző évben kiszemelt, mintegy harminc katasztrális holdnyi területét átengedjék, de erről csak akkor lehet határozatot hozni, ha az Állatkert maga szervezeti szempontból is megalakul, illetve a társaságot „felsőbb helyről” is megerősítik. A szóban forgó „felsőbb hely” mindenekelőtt a Magyar Királyi Helytartótanácsot jelentette, amelyet az állatkert-alapítók ugyancsak megkerestek egy beadvánnyal. A válasz azonban az volt, hogy a Helytartótanács elvben támogatná az alapítást, de ezt hivatalosan csak akkor tudják megerősíteni, ha előbb benyújtják a terület részletes felhasználásának tervét. A városatyák kijelölték volna a területet, ha megvan a helytartótanácsi engedély, a Helytartótanács pedig adta volna az engedélyt, ha már ki lett volna jelölve a terület. Igazi patthelyzettel szembesültek az alapításon buzgólkodó tudósok.
A megoldás onnan jött, ahonnan az alapító atyák nem is várták. Az történt ugyanis, hogy a hatóságok felügyelőt is rendeltek ki a létesítendő Pesti Állatkert ügyében Gamperl Alajos személyében. Gamperl mind a pesti, mind a szegedi városvezetésben nagy súllyal rendelkező ember volt, akit az Állatkert ügye mellé, mint „országfejedelmi biztost” osztottak be. Ez azt jelentette, hogy a hatalom tulajdonképpen ellenőrizni, és nem segíteni kellett. Gamperl azonban magáévá tette az Állatkert ügyét, s tevékenységével nagyon sokat segített. Annál is inkább, mivel az „alapító atyák” többsége ugyan nagyszerű tudós és hazafi volt, a bürokrácia és a pénzügyek útvesztőjében kevésbé voltak otthonosak. Gamperl viszont valósággal elemében volt, így 1864-re sikerült kijárnia a „felségengedélyt”, vagyis a Magyar Királyi Helytartótanács jóváhagyását, valamint azt is, hogy Pest szabad királyi városa az Állatkert céljaira a Városligetben egy 31 hold és 600 négyszögölnyi területet kijelöljön. Közben 1864. június 14-én formálisan megalakult az Állatkerti Részvénytársulat is.
A bürokratikus nehézségek tehát nagyjából megoldódtak. A következő feladat a létesítéshez szükséges tőke biztosítása volt. Ezt olyan módon kívánták megoldani, hogy az Állatkertet részvénytársasági formában hívták életre, vagyis a részvényesek adják össze a szükséges tőkét. Az alapítás körül buzgólkodó tudósok eredetileg azzal számoltak, hogy a költségek finanszírozásához 30.000 forintra lesz szükség. Ez az összeg viszonylag hamar rendelkezésre is állt, bár a 30.000 forintnyi részvényből Szabó József egymaga jegyzett 10.000 forintot. Gamperl gazdasági ügyekben való jártassága azonban itt is sokat segített, mert még a megfelelő időben kimutatta, hogy a beruházás egésze nem 30.000, hanem 150.000 forintba fog kerülni. Ehhez tehát újabb részvényeket kellett kibocsátani. A részvényesek között az alapító tudósokon kívül szép számban voltak arisztokraták, illetve a feltörekvő polgárság képviselői is. Az egyik legelső jelentősebb befizető Zichy Antónia grófnő, a kivégzett miniszterelnök, Batthyány Lajos özvegye volt. A részvényesek egy része támogatandó kezdeményezést látott az Állatkertben, más részük a jó üzlet reményében fektetett be a kert ügyébe, és volt köztük olyan is, aki társasági okok miatt kapcsolódott az ügyhöz, remélve, hogy „felsőbb körökben” is befogadják majd.
Ami az Állatkert szakmai programját illeti, azt tökéletesen összefoglalja az Állatkerti Részvénytársulat alapszabályának az a pontja, amely a társulat céljait határozza meg. Eszerint a Pesten létesítendő állatkert célja a hazai és egzotikus állatok folyamatosan tökéletesítendő és lehetőleg természetszerű bemutatásával a természettudományok iránt érdeklődést ébreszteni, tudományos és művészeti „észleletekre” alkalmat teremteni, külhoni hasznos állatok meghonosításával a „nemzetgazdászatot emelni”, valamint a közönségnek kellemes „mulatóhelyet” teremteni.
