Bár a kert tulajdonképpeni területének csaknem felén nem kifejezetten állatkerti látványosságokat láthatott a közönség (hiszen az Ős-Budavár és a cirkuszépület foglalta el ezeket a területeket), de ezek jelentős bevételeket hoztak a kertet fenntartó társaságnak. Ráadásul magát az Állatkertet is sokan látogatták, s a bevételekből futotta új állatok vásárlására, a kert szépítésére, s az összes korábbi adósság visszafizetésére is.
A millennium évét követő egy évtizedes időszakban azonban nagyot fordult az Állatkert sorsa: kifejezetten szűkös esztendők következtek. Ennek oka néhány olyan tényezőben keresendő, amely a millennium évét megelőző időszakra vezethető vissza. Az egyik ilyen ok az volt, hogy az Állatkertet fenntartó Állat- és Növényhonosító Társaság eredeti célkitűzéseivel szemben az állatok és növények bemutatása, az ismeretterjesztés és a honosítás mellett a kert területének igen jelentős részén egészen másfajta tevékenység folyt: egymást érték a mutatványosok, cirkuszi műsorszámok, sőt, egy valóságos mulatónegyed is terpeszkedett az Állatkert számára kijelölt telek jó egyharmadában. Kétségtelen, hogy ezek nagy részének a társaság kényszerűségből, a hiányzó bevételek pótlása érdekében engedett teret, s a számítás egy ideig nagyszerűen be is vált. Az 1896-os év 478 ezer koronás bevételéből az állatkerti jegyek eladása önmagában csak 140 ezer koronát tett ki. Csaknem 98 ezer korona folyt be a látványosságokból és bemutatókból, 50 ezer korona az Ős-Budavárából, 168 ezer korona (!) pedig a vendéglő bérátalányából. Ugyanakkor a klasszikus állatkerti bemutatás némiképp háttérbe szorult, s magára az Állatkertre is egyre kevésbé közhasznú szervezetként, hanem inkább üzleti vállalkozásként tekintett a közvélemény. Ez a szemlélet jelent meg a városatyák körében is, s ez komolyan érintette a harmincéves szerződés megújítását.
Amikor ugyanis az Állatkert még 1866-ban megnyílt, a Pest szabad királyi város tulajdonában álló terület átengedése tárgyában harminc esztendőre kötöttek szerződést, amelynek alapján a területért csupán jelképes összeget, évi egy aranyat kellett fizetni. Az alapításkor ugyanis a város ezzel a jelképes összegben megállapított bérleti díjjal igyekezte támogatni az újonnan létrejött intézmény közhasznú törekvéseit. A sok mutatványost és egyéb bemutató látva azonban a városatyák egyre inkább úgy vélték, hogy az Állatkert már nem annyira közhasznú intézmény, hanem egyszerű népszórakoztató látványosság, s ilyenformán nincs ok arra, hogy csupán jelképes bérleti díjat fizessen. Az újabb harminc évre megkötendő szerződésben tehát a főváros már jelentős bérleti díj megfizetését kötötte ki, ráadásul a szerződésbe bekerült néhány további súlyos feltétel is.
A szerződés meghosszabbítása fejében az Állatkert köteles volt egy új, szilárd szerkezetű vendéglőt felépíteni, amely tulajdonjogi szempontból azonnal a főváros tulajdonába került, a társaságot csupán a használati jog illette meg. További feltétel volt a díszes vaskerítés kiépítése a főbejárattól mindkét irányban, a kert még rendezetlen részeinek modern parkosítása a társaság költségén, de fővárosi felügyelettel, valamint kikötés volt az is, hogy ha a társaság a területen álló cirkuszépületet megvásárolja, annak tulajdonjoga is a fővárost illeti, az Állatkert csak a használatra kap jogot a szerződés értelmében.
Az új szerződés előkészítése – a főváros által diktált feltételek mellett – már 1893-ban megkezdődött, bár maga a végleges szerződés 1896. április 25-én került aláírásra. Az abban foglalt kötelezettségeket az Állat- és Növényhonosító társaság nagy nehezen tudta teljesíteni.
Az 1866-ban épült eredeti vendéglőt 1888 decembere óta bérlő Wampetics Ferenc már 1893-ban azt vetette fel, hogy az új vendéglő építésének költséges munkálatait saját maga viselné, ha ezért cserébe az Állatkert meghosszabbítaná vele a szerződést, méghozzá alacsony bérleti díj ellenében. Erre a társaság különösebb vita nélkül ráállt, hiszen így legalább a főváros ezen súlyos feltételét sikerült teljesíteni. Az új étterem felépítése, amelyet később a Gundel család vett át, s amely ma is áll, 168 ezer koronába került.
A díszes vaskerítés a főbejárat környékén, illetve az ugyancsak díszes deszkakerítés a Szondi utca felőli oldalon szintén elkészült, erre az Állat- és Növényhonosító Társaság 14.195 koronát és 39 fillért költött. A parkosítással kapcsolatos feladatokat csak részben sikerült elvégezni, erre 1902-ig 45.213 koronát és 40 fillért fordítottak. A cirkusz épületét Wulff Edétől kereken 100.000 koronáért váltották meg. Ennyi pénze persze egyszerre nem volt a társaságnak, az összeget a bérleti díj felének elengedésével, illetve részletekben törlesztettek, de ebből 1903-ban még mindig volt 613 korona hátralék. Ráadásul a cirkuszépületet át is kellett alakítani, ami további 8350 koronába került. Így a következő harminc évre szóló szerződésben foglalt kötelezettségek teljesítésére – készpénz vagy elmaradt bevétel formájában – több mint 300 ezer koronát áldozott az Állat- és Növényhonosító Társaság. A probléma csak az volt, hogy ezt az összeget, illetve a területért számolt új, magasabb bérleti díjat ki is kellett termelni valamiből.
Ez azonban egyáltalán nem volt könnyű feladat, hiszen a millennium éve után a látogatottság látványosan csökkent. A korabeli leírások arról számolnak be, hogy 1896-ban annyi volt a látványosság, hogy kis túlzással „meg is csömörlött belé” a publikum, így sok helyen a forgalom visszaesését tapasztalták. Ráadásul a kevés forrás mellett az állatkerti látnivalók gyarapítása is nehézségekbe ütközött. 1897-ben még 1016 különféle állatot vásároltak 28.680 forint (vagyis 57.360 korona) értékben (köztük 4 oroszlánt, 1 tigrist, 3 leopárdot, 129 majmot, 1 vombatot és 2 „rókás zsebőköt”, vagyis rókakuzut), 1898-ban azonban már csak 633 állat beszerzésére futotta 10.518 forintért (köztük 2 gepárd, 1 hiéna, 2 maláj medve és 3 kenguru). A következő években tovább csökkent az állatbeszerzés, s a társaságnak már több állatkereskedő felé volt tartozása is.
A legnagyobb gondot azonban nem is annyira az állatok utánpótlása jelentette, hiszen időnként még ajándékba is érkezett egy-egy példány. Ferenc József 1900-ban például személyesen adományozott egy fiatal elefántbikát: a Sziám nevű állat egészen a második világháborúig volt az Állatkert lakója. A fenntartási költségeket azonban egyre nehezebb volt kigazdálkodni. Az Ős-Budavára ugyan jelentős bevételt hozott, 1902 végéig összesen 306 ezer koronát, de ezt az összeget mind elvitte a főváros által megkövetelt feltételek teljesítése. Miután az Ős-Budavár bezárt, ez a forrás is elveszett a társaság számára.
Ráadásul ebben a drámai helyzetben már nem lehetett támaszkodni az Állatkert alapító atyáira sem. Xántus János, aki ugyan csak a kezdeti időszakban volt igazgató, de a társaság munkájában évtizedeken át továbbra is részt vett, már 1894-ben elhunyt, s ugyanebben az évben Szabó József, a társaság elnöke is elhalálozott. Az 1873-ban kinevezett igazgató, Serák Károly a századfordulón még életben volt, de betegsége miatt egyre kevésbé tudott részt venni az ügyek irányításában, így 1903-tól Lónyay Géza vezette a kertet megbízott, majd Serák 1906-os halála után már kinevezett igazgatóként. Az ügyek gyakorlati vitelét azonban egyre inkább Reymetter Árpád vette át, aki az Állatkertben pénztárosként, titkárként és háziügynökként működött, majd később, állatkerti pályafutását követően lovardatulajdonos lett és egy látványosság-vállalatot is működtetett. De 1907-ben az Állatkert útmutatója is az ő neve alatt jelent meg.
Lónyay Géza és Reymetter Árpád irányítása alatt a hiányzó bevételeket még kevesebb igazi állatkerti látnivaló mellett még több mutatványos látványossággal igyekeztek pótolni. Ma már nehéz kideríteni, hogy a jó cél érdekében, vagy inkább saját boldogulásuk előmozdítása miatt választották-e ezt az utat, de az biztos, hogy ebben az időszakban már olyan látnivalók is teret kaptak, amelyek a legnagyobb jóindulattal sem illeszkedtek az Állatkert profiljához.
Az egyik legjellemzőbb ilyen ötlet az volt, amikor a kert vezetése megállapodást kötött két bankárral, Krausz Simonnal és Bettelheim Mórral, akik bikaviadalt kívántak szervezni az Állatkert területén. Az 1904 nyarán megtartott viadalok ugyan messze nem voltak azonosak a régebbi pesti vásárokban időnként megtartott kegyetlen állatheccekkel, sőt, a klasszikus ibériai corridától is eltértek annyiban, hogy nem jártak az állatok pusztulásával. Ezzel együtt az állatkerti bikaviadal igencsak megosztotta a kor közvéleményét. Igaz ugyanakkor az is, hogy a pestieket még jobban foglalkoztatta az a kérdés, hogy vajon mit kezdenek a spanyol torreádorok a magukkal hozott spanyolhoni toro bravóknál jóval nagyobb termetű szimentáli és magyar szürke bikákkal. Kísérletet is tettek néhány állattal, amelyek báró Sennyei István pácini birtokáról származtak, de sem Gyémánt, sem Betyár nem volt hajlandó magát belerángatni holmi viadalba.
Az egyik toro bravo viszont már az egyik első előadás alkalmával megsebesítette a provence-i matadort, Ambroise Boudint, aki II. Pouly néven volt ismert akkoriban. A lábán megsérült Pouly egy kis időt kórházban töltött, de az utolsó előadásokon már újra fellépett, sőt, a közönség érdeklődését felszítandó elhíresztelték, hogy a július 14-i viadalon a korábbi alkalmaktól eltérő módon meg is fogja ölni a bikát, éppen azt, amelyik megsebesítette. A teltházas előadáson azonban végül mégsem folyt vér, mert amikor a matador a várva várt viadal előtt elővette az espadát, vagyis azt a spádét, amivel a bikának a kegyelemdöfést szokták megadni, a rendőrség leállította az előadást, az espadát pedig elkobozták Pouly-től. Hiába követelte a lelátók közönsége a bika halálát, a hatóságok ezt már nem engedték. Ezzel vége is lett a két bankár vállalkozásának.
A bikaviadal persze csak egy epizód az Állatkertnek ebből a korszakából, amikor a legelképesztőbb módol igyekeztek bevételre szert tenni, hogy a csődöt elkerüljék. Egy idő után már a „kreatív könyvelés” is elharapódzott, s egyre többen voltak elégedetlenek az Állatkert viszonyaival. Lung György fővárosi tanácsnok már 1903-ban vizsgálatot szeretett volna, 1904-ben Sümegi Vilmos még az Országgyűlésben is interpellált ebben az ügyben. Végül 1906-ban Andrássy Gyula belügyminiszter 108.346-os számú leiratában el is rendelte a vizsgálatot. A dolog vége az lett, hogy a belügyminiszter 1907. február 23-i 613/V. számú rendeletével feloszlatta az Állat- és Növényhonosító Társaságot, illetve ennek nyomán megindították a csődeljárást is.
A működtető társaság feloszlatása és a csőd azonban nem jelentette magának az Állatkertnek is a végét. Az akkor már negyven esztendeje létező intézményt ugyanis a nagyközönség nemcsak megszokta, hanem meg is szerette, és továbbra is igényelte a fenntartását. Így gondolkodott maga Andrássy Gyula is, aki a vizsgálat kapcsán azt javasolta, hogy más európai nagyvárosok mintájára Budapest maga vegye át az intézmény fenntartását.
Ez a kijelentés fontos mérföldkőnek tekinthető a magyarországi állatkertészet történetében. Korábban ugyanis az volt a helyzet, hogy bár az állatkertet, mint intézménytípust a művelt emberek általában fontos kulturális és társadalmi küldetéssel bíró intézménynek tekintették, az nem nagyon merült fel, hogy egy ilyen kulturális intézmény fenntartását – a múzeumokhoz, könyvtárakhoz hasonlóan – közfeladatnak tekintsék. Ekkor merült fel először hivatalosan, hogy egy ilyen intézmény fenntartásáról voltaképpen közpénzből kellene gondoskodni. Az igaz megvallva persze a felszín alatt korábban is motoszkálhatott hasonló gondolat. Az 1896-os szerződésben a főváros által megfogalmazott követeléseket ugyanis sokan hajlamosak úgy értelmezni, hogy a városatyák a sok vásári látványosság miatt ekkorra már inkább bevételi forrásként, és nem pártolandó kulturális intézményként tekintettek az Állatkertre. De a háttérben lehetett olyan szándék is, hogy előbb-utóbb egyébként is a főváros ellenőrzése alá akarták vonni az egész intézményt.
Akárhogy is, az Állatkert végül a fővárosé lett. Az átvétel a gyakorlatban úgy történt, hogy az Állatkert területe már kezdettől a fővárosé volt, az 1896-os szerződés alapján az épületek nagy része is a város tulajdonába ment át, a többi vagyont pedig, amely az 519 egyedre menő állatállományban és néhány egyéb vagyontárgyban öltött testet, szabályos árverésen vásárolták meg. A vagyont Karácsonyi Jenő ügyvéd a főváros által kirendelt csődtömeggondnokként 51 ezer koronára értékelte, de nem annyira a leltári, vagy a valós belső érték alapján, hanem elsősorban azért, mert ennyi kellett a hitelezők követeléseinek kielégítéséhez. Az árverésen tehát ez volt a kikiáltási ár. S mivel más licitáló nem volt, az elárverezett vagyon kikiáltási áron jutott a főváros tulajdonába. Az 1907. szeptember 26-án aláírt adásvételi szerződés alapján egyéb költségeket is felszámolva végül pontosan 56.181 koronát és 90 fillért fizetett Budapest Székesfőváros, s ezzel mindenestül az Állatkert tulajdonosa és fenntartója lett, mind a mai napig tartó érvénnyel.
A feloszlatott Állat- és Növényhonosító Társaság utolsó éveinek summáját a legjobban talán Magyar Elek, a neves újságíró és gasztronómiai szakíró fogalmazta meg 1920-ban, Pesti históriák című karcolat-gyűjteményében:
„Egyik üzleti próbálkozás a másikat hajszolta, a legtöbb sikerült is, de – másoknak. Az állatkert a sok kísérletezésben kiszorult önmagából, pusztulni kezdett, csapás csapás után érte, a Jónáson kívül már alig volt négylábú lakója, a pesti élc azt hirdette, hogy vasárnaponként hordárokat bújtatnak a kimúlt oroszlánok bőrébe Potemkin-fenevadaknak. A közönség eljárt a Vampeticsbe, a cirkuszba, ősbudába, de magától az állatkerttől hovatovább elszokott. Serák meghalt, utóda Lónyai Géza nem tudott már lendíteni a dolgokon, végre is beleszólt a kormány, feloszlatta a nemes felbuzdulással alapított társulatot, mindent átvett a főváros s milliós költséggel, de igazán nagy stílusban, Hagenbeck modorában 1912-ben megnyitott a régi helyett az új állatkertet.”
